Por Ana Clara (Time 320)
Antony Fauci enviou a diversos colegas uma matéria sobre mapeamento de genoma do coronavírus, publicada pela Science – uma das revistas acadêmicas mais prestigiadas do mundo. Entre os destinatários, está Kristian Andersen, professor do Departamento de Imunologia e Microbiologia do instituto de pesquisas Scripps Research.
Andersen foi citado na matéria ao comentar sobre pesquisas que tentam determinar a origem do vírus. Para reforçar a dificuldade do processo, Andersen diz que “até que você, consistentemente, isole o vírus de uma única espécie, é muito difícil tentar determinar qual seria o hospedeiro natural”.
A veracidade desta informação é colocada à prova ao analisarmos a resposta de Andersen ao e-mail enviado por Fauci. O professor diz que “as sequências incomuns do vírus são uma parte pequena do genoma (<0,1%), então é preciso olhar todas as sequências muito de perto para que algumas das partes pareçam (potencialmente) projetadas”. Ele diz, ainda, que “o genoma parece inconsistente com as expectativas da teoria evolutiva”.
TRADUÇÃO
31 de janeiro de 2020
De: Kristian G. Andersen
Para: Fauci, Anthony
Assunto: Re: Fw: Revista Science: Mineração do genoma do Coronavírus para descobrir pistas de suas origens
Olá, Tony
Obrigado por compartilhar. Sim, vi a matéria hoje cedo e tanto eu quanto Eddie fomos citados nela. É uma ótima matéria, mas o problema é que nossas análises filogenéticas não são capazes de responder se as sequências são incomuns em resíduos individuais, exceto se as isolarmos completamente. Em uma árvore filogenética, o vírus parece totalmente normal e a proximidade com [o vírus dos] morcegos sugere que morcegos servem como hospedeiros. As sequências incomuns do vírus são uma parte pequena do genoma (<0,1%), então é preciso olhar todas as sequências muito de perto para que algumas das partes pareçam (potencialmente) projetadas.
Temos um bom time que está alinhado para olhar tudo isso de forma crítica, então devemos saber muito mais no fim dessa semana. Devo comentar que após as discussões de hoje, Eddie, Bob, Mike e eu acreditamos que o genoma parece inconsistente com as expectativas da teoria evolutiva. Mas precisamos verificar isso muito mais de perto e ainda temos mais análises para fazer, então essas opiniões podem mudar.
Atenciosamente,
Kristian
Veja abaixo a matéria completa da revista Science (tradução livre).
Mineração do genoma do Coronavírus para descobrir pistas de suas origens
De: Jon Cohen, 31 de janeiro de 2020
O descobrimento da sequência de DNA do patógeno viral, coronavírus (2019-nCoV) está alarmando a China e assustando o mundo inteiro. Cientistas estão compartilhando publicamente um número crescente de sequências completas do vírus, extraídas de pacientes – pelo menos 53 estão na base de dados dos arquivos Iniciativa Global de Compartilhamento de Dados sobre Influenza. Esses genomas virais estão sendo intensivamente estudados para entendimento da origem do 2019-nCoV e como ele se encaixa nas famílias de vírus encontrados em morcegos e outras espécies. Eles também têm trazido informações sobre como é a aparência desse novo vírus, assim como como ele está mutando e como essa mutação pode ser impedida.
“Uma das mensagens mais importantes (do sequenciamento viral) é que houve uma única contaminação diretamente em humanos e depois a contaminação ocorreu de humano para humano”, diz Trevor Bedford, especialista em bioinformática da Universidade de Washington, Seattle. A função que o Mercado de Alimentos de Wuhan, na China, pode ter tido na difusão do 2019-nCoV continua incerta, apesar de tanto o sequenciamento quanto estudos feitos sobre a presença do vírus no ambiente do Marcado, indicam que este pode ter tido uma função importante no início da proliferação e amplificação do surto. A maior parte dos pesquisadores diz que a sequência do vírus também derruba a ideia de que o patógeno veio de um laboratório em Wuhan.
Ao todo, 2019-nCoV possui cerca de 29.000 nucleotídeos com instrução genética para produção do vírus. Apesar de ser um dos muitos vírus com genes na forma de RNA, cientistas converteram o vírus para o formado DNA para que o mesmo seja mais facilmente estudado. Muitas análises da sequência do vírus já aparecem em virological.org, nextstrain.org, servidores como bioRxiv e até mesmo jornais. O compartilhamento da sequência por pesquisadores chineses permitiu que laboratórios públicos em todo o mundo desenvolvessem seus próprios diagnósticos para o vírus, o qual agora foi descoberto em 18 países.
Quando a sequência do 2019-nCoV se tornou disponível, pesquisadores a inseriram em uma árvore genealógica de coronavírus – que são abundantes e atingem diversas espécies – e descobriram que este estava mais próximo daqueles encontrados em morcegos. Uma equipe liderada por Shi Zheng-Li, especialista com coronavírus do Instituto de Virologia de Wuhan, reportou em 23 de janeiro que a sequência do 2019-nCoV era 96,2% equivalente ao vírus do morcego e 79,5% equivalente ao coronavírus que causa síndromes agudas respiratórias (SARS), uma doença que também surgiu na China há 15 anos. Mas o coronavírus SARS é muito próximo ao vírus de morcegos e os dados de sequenciamento fazem com que os cientistas acreditem que existe um hospedeiro “intermediário” entre morcegos e o 2019-nCoV.
De acordo com as análises de Bedford, a sequência do coronavírus de morcegos se difere do 2019-nCoV em 1100 nucleotídeos. Ele desenvolveu árvores genealógicas do coronavírus (exemplo abaixo) incluindo as sequências para morcego, civeta, SARS e 2019-nCoV.
As análises de Bedford sugerem que os dois vírus tiveram um ancestral comum entre 25 e 65 anos atrás, uma estimativa feita ao combinar a diferença de nucleotídeos entre os vírus com as taxas de mutação de outros coronavírus. Então, é provável que que tenha levado décadas para que o vírus mutasse e chegasse no atual 2019-nCoV.
A Síndrome Respiratória do Centro-Oeste (MERS), outra doença humana causada por coronavirus, também possui uma ligação com o vírus do morcego. Mas estudos indicam que esse vírus chegou aos humanos através de camelos – a árvore filogenética (abaixo) deixa clara essa ligação com o MERS de camelos:
Quanto mais um vírus circula em populações humanas, mais tempo ele tem para desenvolver mutações em pessoas infectadas. Dado que o 2019-nCoV possui sequências analisadas que os diferem em sete nucleotídeos, isso sugere que eles chegaram até os humanos há pouco tempo. “Existe uma grande área cinza entre o vírus detectado em morcegos e o que agora está sendo isolado em humanos”, diz Vicent Munster, virologista do Instituto Americano de Doenças Infecciosas e Alergias, que estuda coronavírus em morcegos, camelos e outras espécies.
Fortes evidências sugerem que o mercado central de Wuhan teve função no início da proliferação do 2019-nCoV, mas sua origem continua incerta. Muitos dos casos inicialmente confirmados de 2019-nCoV foram ligados ao mercado de Alimentos de Wuhan, mas cerca de 45% (inclusive os primeiros) não tiveram ligação com o mesmo. Isso levanta a possibilidade de que a contaminação inicial ocorreu em outro local.
De acordo com Xinhua, agência nacional de notícias, “amostras ambientais” do mercado de alimentos de Wuhan possuíam evidências de 2019-nCoV. Das 585 amostras coletadas, 33 deram positivo e todas estavam na parte ocidental do mercado, onde vende-se animais vivos. “Os testes positivos no mercado são de grande importância”, diz Edwards Holmes, biólogo evolucionário da Universidade de Sidney, que colaborou com o primeiro grupo que divulgou publicamente o sequenciamento do 2019-nCoV. “Uma taxa tão alta de testes positivos implica, fortemente, que os animais do mercado tiveram um papel fundamental na proliferação do vírus”.
Porém, não houve divulgação dos reportes oficiais dessa amostra, portanto não é claro quais, e se há algum, animais que testaram positivo. “Até que você, consistentemente, isole o vírus de uma única espécie, é muito difícil tentar determinar qual seria o hospedeiro natural”, diz Kristian Andersen, um biólogo evolucionário do instituto de pesquisas Scripps Research.
Uma explicação possível para a confusão sobre como o vírus teve contato inicial com humanos é que tenha havido uma leva de animais vivos infectados vendidos em diferentes mercados. Ou um vendedor de animais vivos pode ter transmitido o vírus para diferentes pessoas em diferentes mercados. Ou, como sugere Bedford, esses primeiros casos podem ter sido infectados por vírus que não eram facilmente transmissíveis e, portanto, não foram detectados. “Seria muito útil ter pelo menos uma ou duas sequências do mercado de Wuhan (amostra ambiental) que poderia trazer mais clareza para a ocorrência de contaminação por animais”, diz Bedford.
Com a ausência de conclusões claras sobre as origens do vírus, as teorias se multiplicam, inclusive algumas pouco científicas. Uma sequência de análises lideradas por Ji da Universidade Peking e publicado pelo Jornal de Virologia recebeu muita atenção da empresa quando comentou que “cobras são o mais provável hospedeiro do 2019-nCoV”. Especialistas, no entanto, descartaram essa possibilidade. Teorias conspiratórias também foram abundantes. Um reporte da CBC News sobre o governo canadense ter deportado cientistas chineses que trabalhavam no laboratório de Winnipeg com estudos de patógenos perigosos foi amplamente divulgado nas redes sociais, dizendo que eles eram espiões que levaram o coronavírus. O Instituto de Virologia de Wuhan, principal laboratório na China para estudos de coronavírus em morcegos e humanos, também deve destaque na mídia. “Especialistas desmascaram a teoria de que o coronavírus da China estaria ligado a pesquisas de armamentos”, foi a manchete de uma matéria do The Washington Post.
Preocupações sobre o instituto ocorrem desde antes desses eventos. A revista Nature publicou uma história em 2017 sobre a construção de um novo laboratório de biossegurança nível 4, onde o biólogo Richard Ebright expressou preocupações sobre contaminações acidentais, que ocorreram diversas vezes entre os pesquisadores da SARS em Pequim. Ebright também criticou experimentos feitos em 2015 no qual modificações foram feitas no vírus SARS que circulava entre morcegos chineses para verificar se estes teriam potencial para causar danos a humanos.
“Sempre que surge uma doença emergente, um novo vírus, a mesma história ocorre: isso é um vazamento de um agente ou um vírus biofabricado”, diz Peter Daszak, ecologista. “É uma pena, parece que os humanos não conseguem resistir às controvérsias desses mitos, mas estão estampadas na nossa cara. Existe uma incrível diversidade de vírus na natureza e estamos só olhando a superfície. Dentro dessa diversidade, haverá alguns que podem afetar pessoas e, dentro destes, alguns que podem causar doenças”.
As equipes de pesquisa de Daszak e Shi prendem, há oito anos, morcegos em cavernas por toda a China para coletar amostras de sangue e fezes. Eles dizem possuir amostras de mais de 10.000 morcegos e 2000 outras espécies. Foram encontradas cerca de 500 variantes de coronavírus, cerca de 50 dos quais são relativos ou semelhantes ao SARS e 2019-nCoV, principalmente os localizados na província de Yunnan. “Não podemos assumir que só porque o vírus de Yunnan tem identidade sequencial semelhante com o novo 2019-nCoV, que essa seria a sua origem”, diz Daszak, ressaltando que apenas uma pequena fração de coronavírus de morcegos foi descoberta. “Eu acredito que, após coletarmos mais e mais amostras do sul e do centro da China, vamos encontrar muitos outros vírus, alguns até mais próximos ainda do 2019-nCoV”.
“Não é somente uma curiosidade para descobrir o que gerou o atual surto”, diz Daszak. “Se não encontrarmos a origem, a infecção pode estar vindo de qualquer lugar, e quando esse surto diminuir, pode haver contaminação contínua que será muito difícil de impedir. Mas ainda não sabemos qual a real origem”.
Tradução: Ana Clara